TOPsimple™ PCR DryMIX-nTaq

제품명	Cat. No.	크기	농도	가격(원)	추가
TOPsimple™ PCR DryMIX-nTaq	P581T	96 tube	-	55,000
TOPsimple™ PCR DryMIX-nTaq	P582T	960 tube	-	440,000

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상품간략정보 및 구매기능

TOPsimple™ PCR DryMIX-nTaq

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제조사	P582T
원산지	960 tube
브랜드	-
판매가격	440,000원
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TOPsimple™ PCR DryMIX-nTaq

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제품 설명

TOPsimple PCR DryMIX-nTaq 은 Thermus aquaticus DNA polymerase I을 E. coli 에서 발현한 재조합 단백질입니다. Taq DNA polymerase는 열 안정성과 5’→3’ exonuclease 활성을 보이지만 3’→5’ exonuclease의 활성은 약합니다. nTaq은 Taq DNA polymerase의 개량형으로 N-terminal domain을 수정하여 5’→3’ exonuclease 활성 감소와 high-GC 및 DNA 2차 구조에서 증폭 효율을 증가시켰습니다. DryMIX는 DNA polymerase, Buffer, dNTPs 등 PCR 반응에 필요한 성분과 DNA loading buffer까지 혼합하여 1 회 분량씩 PCR tube에 건조시킨 제품입니다.

제품 특징

- Molecular weight: 94 kDa

- Error rate: 2.4 × 10^-5

- Thermal stability: half-life of 40 min at 95℃

- A-tail formation at 3’ ends of amplified duplex DNA

제품 응용

- Amplification of DNA fragments shorter than 3 kb (suitable for general PCR applications)

- Genomic DNA or cDNA template

- Primer extension

- Colony PCR

- Radioactive labeling of DNA

- Nucleotide sequencing

제품 성분

- nTaq: 2 units/tube

- nTaq buffer (containing 1.5 mM MgCl₂)

- dNTP mixture: 0.2 mM each

- Stabilizer

- Dyes: Xylene cyanol and Orange G

Migration of dyes in agarose gel

In an ordinary agarose gel, xylene cyanol co-migrate with 4-kb DNA fragments, and Orange G with 50-bp DNA fragments.

제품 보관

Stable up to 2 years at -20℃, 6 months at 4℃, or 2 months at room temperature (Storage at -20℃ is recommended).

Figure 1. Convenience in transportation and easy to use with TOPsimple™ DryMIX.

Convenience in transportation; dry pellets containing all PCR components are stably bound to the bottom of tube. Increased solubility; the pellets are readily soluble upon addition of water, making it unnecessary to mix the components prior to PCR reaction.

Figure 2. 2-Dye system for TOPsimple™ DryMIX.

Due to the inclusion of two visible dyes in DryMIX products, tracking of PCR products during electrophoresis is easier and more convenient. Xylene cyanol (XC) and orange G (OG) migrate with 4-kb and 50-bp DNA fragments, respectively

Figure 3. PCR amplification of Human gDNA using nTaq DNA polymerase, TOPsimple™ DyeMIX-nTaq and TOPsimple™ DryMIX-nTaq.

1 kb DNA fragment were amplified by nTaq DNA polymerase, TOPsimple™ DyeMIX-nTaq and TOPsimple™ DryMIX-nTaq using human gDNA (10 ng) as a template. Three different products showed almost identical activity on PCR reaction regardless of their formulation type differences. PCR cycles are as follow; 95℃ 5 min, (95℃ 30 sec, 60℃ 30 sec, 72℃ 1 min) x30, 72℃ 5 min.

Lane 1~5, 10 ng of Human gDNA (Repeat 5 times); lane 6~7, Negative control; M, 1 kb (+) Ladder Marker (Cat. DM003)

Certificates of analysis

Manual

[ PDF ] P581T_TOPsimple PCR DryMIX-nTaq_Manual

Material Safety Data Sheet

[PDF] Enzynomics_MSDS_P581T_TOPsimple™ DryMIX-nTaq_KOR

원하지 않는 PCR 산물이 나와요.

비특이적인 PCR 산물이 발생하면 아래 사항을 참조하십시오.
- 비특이 결합을 피하기 위해 더 긴 primer 를 사용하고 3' 말단에서 3개의 연속적인 G 또는 C nucleotides 를 피하세요.
- 특이성을 높이기 위해 annealing 온도를 높이세요.
- Mg²⁺농도를 낮춰서 사용해보세요.
- UDG 를 사용하여 교차 오염을 피하세요. 당사는 UDG가 포함된 PCR 제품들을 제공합니다.
PCR 산물이 너무 적어요

PCR 산물의 양을 늘리려면 아래 사항을 참조하십시오.
- Polymerase 사용량이 부족하거나 또는 PCR 반응액에 저해제가 존재할 수 있습니다.
- Hot-start 제품의 경우 initial denaturation 시간이 충분하지 않으면 PCR 중합효소가 100% 활성화 되지 않을 수 있습니다.
- Denaturation 및 extension 온도가 너무 높아서 polymerase 활성이 조기에 끝날 수 있습니다.
- Pimer가 잘못 설계되었거나 annealing 온도가 잘못 설정되었을 수 있습니다.
- 원하는 산물의 크기에 비해 짧은 extension 시간을 설정했을 수 있습니다.
- PCR cycle이 너무 적을 수 있습니다
- Mg²⁺가 부족하거나 너무 많습니다
- 너무 많은 DMSO가 포함되어 있을 수 있습니다.
PCR 이후 밴드가 보이지 않아요

- Denaturation 이 불완전할 수 있습니다. 높은 온도에서 충분한 시간동안 반응하십시오.
- Annealing 온도가 잘못 설정되었을 수 있습니다. Primer 의 Tm 을 확인하여 적절한 온도를 설정하십시오.
- Template 의 GC 비율이 높을 수 있습니다. 당사의 nTaq-Tenuto, nTaq-HOT, RbTaq Tenuto HOT, RbTaq HOT 에 포함된 GC Melt 를 사용하십시오.
- 반응액에 Taq DNA 중합효소의 저해제가 존재할 수도 있습니다. PCR에 BSA를 추가하거나, Taq의 양을 늘리거나, PCR 반응액의 부피를 늘려 저해제를 희석하십시오.
- GC 함량이 높은 template을 층폭할 경우 DMSO를 첨가해 볼 수 있으나 10% 이상 고농도의 DMSO는 Taq의 반응을 억제할 수 있습니다.
PCR 이후 번짐이 보여요

PCR 이후 전기영동에서 번짐현상은 아래와 같은 이유로 발생할 수 있습니다.
- PCR cycle을 너무 많이 진행했을 수 있습니다.
- 사용 중인 pimer 에 비해 annealing 온도가 낮을 수 있습니다.
- Annealing 또는 extension 시간이 너무 길었을 수 있습니다.
- primer가 오염되거나 오래됐을 수 있습니다.
- 너무 많은 template가 사용되었을 수 있습니다.
- Polymerase, primer, Mg²⁺ 및/또는 dNTP 농도가 너무 높을 수 있습니다.
GC 함량이 높거나 hairpin-loop 구조를 포함하는 template를 효과적으로 증폭시키려면 어떻게 해야 하나요?

보통 target DNA 의 GC 함량이 65% 이상일 때 GC-rich 하다고 볼 수 있습니다. GC-rich 영역은 inverted repeat 에 존재하거나 hairpin 구조를 형성하는 경향이 있어, denaturation 후 annealing 과정에서 단일가닥으로 분해된 주형 DNA의 base-paring으로 인해 2차구조가 형성될 수 있습니다. 이러한 2차구조에 의해 polymerase의 합성이 중간에 멈춰 불완전한 형태의 증폭 산물이 발생하게 됩니다. GC rich PCR 의 경우, 당사의 nTaq-Tenuto, nTaq-HOT, RbTaq Tenuto HOT, RbTaq HOT 에 포함된 GC Melt 를 사용하면 도움이 될 수 있습니다. 동봉된 GC Melt I, II 를 각각 전체 반응액의 1/5, 1/10, 1/20 정도 첨가하여 개선된 결과를 확인하시기 바랍니다.
길이가 긴 타겟을 증폭할 때 중요한 조건은 무엇인가요?

긴 PCR target를 효율적으로 증폭하기 위해서는 annealing 시간, 효소 반응액의 pH, 염 농도, primer design, DNA 샘플의 순도, 효소의 증폭 효율 및 proofreading 여부 등 여러 변수를 고려하여야 합니다.
DNA 정제과정에서 DNA 가 분해되거나 높은 온도와 낮은 pH 조건에서 DNA depurination 등이 일어나 DNA가 손상될 경우, 원래의 길이보다 짧은 DNA 단편의 증폭률이 늘어나며 전체 증폭 산물을 감소시킵니다.
효소의 증폭 효율도 주요한 조건이며, 당사는 긴 타겟의 증폭도 가능한 nTaq-Tenuto, RbTaq-Tenuto Hot, nPfu-Forte, nPfu-Special 등을 제공하고 있습니다.
Taq polymerase 에서 Mg2+의 역할은 무엇인가요?

Mg²⁺은 Taq DNA polymerase의 cofactor로 작용하며 효율적인 DNA 증폭에 매우 중요한 요소입니다. Mg²⁺ 농도가 낮으면 PCR 효소의 활성이 감소할 수 있으며, 반대로 농도가 높으면 효소의 정확성이 감소하여 비특이적인 DNA가 증폭될 수 있습니다. 샘플에 포함된 EDTA 또는 구연산염, 주형 DNA의 농도, dNTP 농도와 단백질 유무 등 다양한 요소가 Mg²⁺농도에 영향을 줄 수 있으므로 반응에 최적인 Mg²⁺ 농도를 찾아야 합니다. 당사의 nTaq (Mg2+ Free) (Cat. P025B) 과 nTaq-Tenuto (Mg2+ Free) (Cat. P225B) 는 25 mM MgCl₂ 를 별도로 제공하여, Mg²⁺ 농도를 조정할 수 있습니다.
3-step PCR 과 2-step PCR 의 차이점은 무엇인가요?

1) 3-step PCR
일반적인 PCR이나 짧은 단편 (< 4kb) 증폭 시 주로 사용합니다. 3-step PCR은 denaturation, annealing, extension 과정으로 진행됩니다.
primer의 Tm값이 62℃보다 낮은 경우에는 3 step PCR 을 사용해야 합니다.

2) 2-step PCR
primer 의 Tm 값이 높거나, 증폭 산물이 길 때 (> 4kb) 주로 사용합니다. 2-step PCR은 denaturation 후 annealing & extension이 한 단계로 진행됩니다.
낮은(68℃) extension 온도는 증폭에 영향을 줄 수 있는 depurination 확률을 낮춰 긴 단편의 증폭수율을 개선할 수 있습니다.
㈜엔지노믹스 PCR Polymerase 제품 선택 가이드 라인

Characteristics of Enzynomics PCR polymerases

Selection guide of Enzynomics PCR polymerases

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